Jest absolwentem Politechniki Warszawskiej, Wydziału Mechanicznego Energetyki i Lotnictwa, kierunek Energetyka Cieplna oraz studiów podyplomowych Executive MBA Gdańskiej Fundacji Kształcenia Menedżerów, Uniwersytetu Gdańskiego oraz Aix-Marseille Graduate School of Management. Jest rzeczoznawcą NOT w zakresie sieci i systemów energetycznych, niekonwencjonalnych źródeł energetycznych oraz maszyn i urządzeń energetycznych. Posiada również uprawnienia górnicze w zakresie średniego dozoru o specjalności energomechanicznej
w odkrywkowych kopalniach. Z energetyką związany od 2008 roku. W 2009 roku został oddelegowany na dwa lata do pracy w jednostce badawczo-rozwojowej dużego koncernu energetycznego w Szwecji, gdzie prowadził w szczególności projekty z obszaru CCS (Carbon Capture and Storage) oraz odnawialnymi źródłami energii. Od 2011 roku zajmuje się analizą regulacji europejskich oraz krajowych w zakresie polityki energetyczno-klimatycznej oraz kogeneracji i ich wpływem na branże energetyczną oraz sektor ciepłowniczy. Od ostatnich 7 lat zaangażowany w realizację projektów inwestycyjnych oraz badawczo-rozwojowych w sektorze energetycznym nakierowanych na minimalizację wpływu działalności wytwórczej na klimat i środowisko oraz na optymalizację ekonomii funkcjonowania przedsiębiorstw. Obecnie Rafał Nowakowski pracuje na stanowisku Dyrektora Departamentu Badań
i Rozwoju w PGE Energia Ciepła S.A.